Pelbagai usaha dilakukan untuk mengatasi berbagai masalah yang terjadi selama banjir, termasuk memperbaiki benteng, mendirikan posndok bantuan di tempat yang terjejas banjir, memindahkan pelarian ke pangsapuri dan mengumumkan status darurat banjir.

Penempatan semula pelarian Takungan Pluit

Pada 18 Januari, setelah pecahnya benteng Latuharhari, kawasan Pluit juga terendam. Pemerintah Provinsi DKI Jakarta kemudian menawarkan pemindahan tempat kepada penghuni setinggan di sekitar Pluit Reservoir untuk pindah ke flat yang dilengkapi dengan kemudahan yang sangat lengkap, dengan alasan mereka akan mengurangkan kesan banjir di masa depan dan membiarkan alat berat berfungsi untuk menggali takungan.[30]

Pengubahsuaian cuaca

Setelah mendapat permintaan dari DKI Jakarta[31] , dari 26 Januari hingga 25 Mac 2013, BPPT dan BNPB berusaha untuk mengubah cuaca, dengan mencegah pembentukan awan dan mengurangkan hujan di luar daerah yang banjir. Untuk kerjasama ini, BNPB akan membelanjakan hingga Rp 13 milion. Projek serupa berjaya dijalankan di Sukan SEA Palembang dan PON 18 Riau.

Siren kecemasan banjir

Pada 17 Januari 2013, Gabenor DKI Jakarta, Joko Widodo mengumumkan status darurat banjir untuk Jakarta setelah 5 kematian dan 15,447 penduduk terpaksa melarikan diri. Pada waktu itu, BNPB menyatakan bahawa banjir telah membanjiri 500 RT, 203 RW di 44 kecamatan yang tersebar di 25 kecamatan.[32]